Les interventions de la FSOA sont fondées sur des valeurs essentielles parmi lesquelles :
bonne gouvernance : s’appuyant sur les principes de transparence et de responsabilité, l’équipe dirigeante s’assure que les intérêts individuels ne priment pas sur les intérêts de la FSOA ;
participation et dialogue : les actions prioritaires de la FSOA sont définies en tenant compte des points de vue des partenaires ;
responsabilité : la gestion des fonds reçus par la FSOA se fait en respectant les engagements pris auprès des parties prenantes représentées par les bailleurs de fonds, les gouvernements, les populations riveraines et autres acteurs ;
complémentarité : les financements de la FSOA viennent en complément des financements nationaux et internationaux avec un effet levier pour inciter d’autres partenaires à investir, notamment dans le cadre de partenariats entre les secteurs publics et privés ;
flexibilité : la FSOA met en œuvre des mécanismes souples et permettant de répondre avec célérité aux besoins des bénéficiaires et recommandations des partenaires, des auditeurs et des missions d’évaluation.